नाबालिग से बलात्कार के मामले में आसाराम 2013 से जेल में हैं। जब आसाराम के खिलाफ बलात्कार का मामला चल रहा था, उसी दौरान मामले के एक गवाह अमृत प्रजापति की राजकोट में हत्या कर दी गई थी। अब, 10 साल बाद, राजकोट पुलिस ने अमृत प्रजापति के हत्यारे 37 वर्षीय किशोर बोडके को कर्नाटक से गिरफ्तार कर लिया है। आरोपियों को गिरफ्तार करने के लिए क्राइम ब्रांच की टीम साधकों के वेश में कर्नाटक स्थित आश्रम पहुंची। दो दिनों तक उन्होंने आश्रम में साधक बनकर किशोर बोडके की उपस्थिति की जांच की।
क्राइम ब्रांच के डीसीपी डॉ. पार्थराज सिंह गोहिल ने बताया कि उस समय आसाराम के खिलाफ कुछ भी बोलने वाले लोगों की हिट लिस्ट तैयार की गई थी। इसके बाद उसकी हत्या की योजना बनायी गयी। जिसमें आरोपी किशोर बोडके ने मुख्य साजिशकर्ता की भूमिका निभाई थी। आसाराम और उनके ट्रस्ट के पूरे भारत में 400 से अधिक आश्रम हैं। जिसमें किशोर बोड़के के रहने की जानकारी मिली। अब तक वे मुख्यतः वडोदरा, सूरत, महाराष्ट्र और कर्नाटक के विभिन्न आश्रमों में रहकर वह नौकर के रूप में काम कर रहा था।
आरोपी किशोर बोडके के खिलाफ आसाराम के खिलाफ आवाज उठाने वाले लोगों पर हमला, एसिड अटैक और चाकू से हमला करने के तीन मामले सूरत में दर्ज किए गए हैं। अमृत प्रजापति की 2014 में हत्या कर दी गई थी। बलात्कार के आरोप का सामना कर रहे आसाराम के पूर्व भक्त अमृत प्रजापति वैद्य की राजकोट में गोली मारकर हत्या कर दी गई थी। 23 मई 2014 को राजकोट के पादक रोड स्थित ओम शांति आरोग्य धाम में मरीज के रूप में आए एक शार्पशूटर ने अमृत प्रजापति पर गोलियां चला दीं।
गोलीबारी के दौरान एक गोली प्रजापति के गले में जा लगी, जिससे वह गंभीर रूप से घायल हो गया। उसे पहले स्थानीय अस्पताल और बाद में इलाज के लिए अहमदाबाद के एक अस्पताल ले जाया गया, जहां इलाज के दौरान उसकी मौत हो गई, जिससे घटना हत्या में तब्दील हो गई। उल्लेखनीय है कि हमले के बाद भागने की कोशिश करते समय हत्यारे की दो पिस्तौलें मौके पर ही गिर गईं। आखिरकार दस साल बाद राजकोट क्राइम ब्रांच ने एक गुप्त ऑपरेशन चलाकर अमृत प्रजापति के हत्यारे को कर्नाटक से गिरफ्तार कर लिया है।
